近年来，新疆石油天然气等资源的大规模勘探开发，为国家能源安全做出了重大贡献，但是同时，新疆在生态环境方面也付出了沉重代价。资源开发的同时环境不断恶化.目前，新疆油田分公司等五大油田分公司参与新疆境内石油天然气的勘探开采，跨全区11个地、州、市及所属29个县(市)。油田总面积为1425.53平方公里，开发涉及面积约100万平方公里，约占全疆总面积的60％。2007年天然气产量达210亿立方米。石油天然气开发多在沙漠、戈壁和绿洲边缘地带进行，而这些地区正好属于生态环境极端脆弱区和生态环境重要功能区。在大规模石油勘探开发过程中，环塔里木盆地和准噶尔盆地的脆弱生态系统遭到很大程度的影响，千年形成的固化沙漠的原始盐碱硬壳被大面积破坏，沙丘活化现象出现，沙漠合围速度加快，沙进人退非常严重。 特别是在塔里木盆地边缘的南疆五地州，石油天然气勘探开发使生态环境遭到严重破坏。当地年平均沙尘天气93天。其中和田地区沙尘天气多达220天，重度污染天气300天以上，每平方公里月均降尘124吨。喀什地区大气悬浮颗粒物超标近10倍。
应尽快出台生态补偿相关法律法规,新疆是我国战略资源的重要储备区，在全国已知的171个矿产中，新疆目前已发现各类矿产138种，其中有5种储备居全国首位，24种储量居全国前5位，41种居全国前10位，23种居西北地区首位。新疆将迎来前所未有的大发展的历史性机遇，但这也会使本来就突出的资源开发与生态环境脆弱的矛盾更加尖锐。为此建议： 首先，建立生态补偿基金制度。对出疆的石油、天然气按照现价的适当比例开征生态补偿费，专项用于生态修复。这一比例可定在15％到20％之间。 其次，尽快出台生态补偿相关法律法规或实施条例。再次，将新疆列为建立生态资源补偿机制的试点地区。最后，由国家相关部门出台有关政策，要求石油天然气、矿产开发企业对资源勘探开发区生态环境和水资源污染进行治理，绿化美化厂区、矿区，恢复勘探开发过程中被破坏的荒漠地表、原始盐碱硬壳和原始生态植被，固化沙丘，遏制勘探开发区生态环境日益恶化的趋势。
