天然气的价格对于燃气发电成本有决定性的影响，燃气发电成本由三部分组成，即设备的折旧成本、机组的运行维护成本以及燃料成本，其中，燃料成本的比例达到70～80%，所以降低燃气发电成本的关键是降低天然气价格。目前我国大部分天然气发电企业实行的是临时上网电价，各电厂的上网电价实行“一事一议”、“一厂一价”的方式，没有明确的定价方法，调整机制和热电联供形式下热、电之间的分摊方法，气电灵活调峰、清洁环保、利用高效等优势没有得到充分体现。由于天然气发电上网电价较高，燃气机组出现备用时间长、利用小时数偏低等问题，燃气发电企业普遍经营困难，不利于我国天然气发电行业的健康、可持续发展。虽然浙江等省市对燃气发电企业实施了两部制电价，一定程度上缓解了天然气发电企业的生存压力，但仍未起到发展低碳能源的导向作用。

交叉补贴造成的价格机制扭曲现象广泛存在于气、电、水等资源性产品价格中。居民用气价格与工业用气、热力用气价格之间存在交叉补贴现象。从世界各主要消费国工业用户与居民用户天然气零售价格比较看，除中国外，其他国家的工业用户气价均低于居民用户气价，比如，工业用户气价与居民用户气价相比，欧盟和OECD(经济合作与发展组织)国家平均约是1∶2，美国、荷兰约是1∶2.5，加拿大约是1∶4。气价反映了不同用户真实的成本构成，用气量越多，气价应越低。实际调研数据显示，目前我国居民生活用气价格普遍比各省门站价低，这部分燃气成本通过行政手段转嫁给了工业、热力等用户，而热力用户在集中采暖季节(每年的11月至次年的3月)由国家对其进行财政补贴。不同消费部门之间的交叉补贴，严重扭曲了天然气市场价格。因而天然气价格及其有关电价、热价、冷价等方面已经成为我国发展清洁能源、天然气热电联产亟需解决的问题。